我使用 Truecrypt + ZimDesktop + Dropbox.
以前也曾经用过 Dokuwiki 和 Evernote.
Dokuwiki 需要额外开一个本地网页服务器, 而且要通过浏览器操作, 加上条目改名很麻烦等, 有很多不爽.
后来使用 Evernote, 多设备同步做得还不错, 但缺乏条目之间快速互链的机制, 而且直接把私人笔记放到云端感觉不太安全.
最近, 我改用 ZimDesktop 了, 这个软件非常绿色, 从程序配置文件到数据目录都可以随意更改, 而且以纯文本方式存储, 又支持条目直接快速互链, 给条目快速改名(改名时把所有链接都一并修改,很方便), 以及导出为 html 网站的功能.
Evernote 的资料整理能力一般, 但它的多设备同步是亮点. 为了达到 Evernote 的效果, 我用 Truecrypt 做加密, 把加密的文件用 Dropbox 做同步, 基本上能满足我的所有要求了.
有时间的话, 我会专门写篇博客介绍我曾经使用过的几种"个人知识管理"方案的细节.