非前辈，一些小见解：

> python 需要更深入了解吗？ cookbook 里面的黑魔法都要会？
Cookbook 不一定需要全会，它就是一本菜谱书，如果你有类似的菜要做，可以看看人家怎么做的。 Python 只要能写出可读性高，容易维护的代码即可。

> mysql 需要达到什么程度？平时都是 orm ，原生 sql 语句写的很少。
这个看你的需求是什么，如果你需要即做开发又兼顾 MySQL 的运维，那么懂一些 MySQL 的常见运维任务是必要的，比如主从同步、分库分表、数据迁移等等（我懂得也不多）。但是如果只做开发，需要懂如何设计好的数据库结构，如何写性能好的 SQL 语句，会分析慢查询，懂得事务机制等等。

> js 需要精通吗？原生 js 要深入学习吗？现在写的基本都是 jquery 。
还是看需求。如果觉得现在足够应付工作，那就不必要学。。如果想走全栈的路，那学习一下 JS 的核心机制是必要的。。

> nginx 用不用精通，现在各种配置全靠 google 。
跟上面类似的结论。。

> 黄点用点吗？ CSAPP 、 SCIP 、各种协议，是否值得抽时间去读？
都有用，但是看哪个是重点，一步一下来。。

其实楼主涉及面挺广的，建议面向你要解决的问题（比如 Web 前后台开发），把一整套解决方案都熟练起来。这样别人要你做出一套 Web 前后台时，你知道如何去做，当前阶段哪些是重点哪些是次要，如何选择各种组件，这样就挺好了。