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20015jjw
V2EX  ›  问与答

请问 DNA/遗传方面的简单的计算有哪些?

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  •   20015jjw · 2015-08-03 03:22:39 +08:00 · 1510 次点击
    这是一个创建于 3387 天前的主题,其中的信息可能已经有所发展或是发生改变。

    要重写一个CS课的Lab作业... Lab的主题是LinkedList... 然后... 因为学生觉得不好玩... 要给他上个主题... 然后有个小胖子说DNA的吧... Instructor就同意了... 做助教真难...

    所以求问大家>< 有什么简单一点的不需要太多背景解释的就能做的计算... 我就学过苏教的高中生物我啥都不知道啊 @生物班主任对不起你了...

    2 条回复    2015-08-03 04:32:48 +08:00
    baskice
        1
    baskice  
       2015-08-03 03:58:39 +08:00   ❤️ 1
    跑DNA我想不出有啥能用Link List的,随便跑跑都是几个G的数据,Link List 还不疯了。

    你可以假设bio院有个教授想仿照 https://fold.it/portal/ 做个简单的折蛋白小游戏当作作业。从cs随便抓了几个学生让他们做。

    然后你就可以设置规则了,二十个AA(amino acids)学生要以特定顺序连接才能成功折叠。

    之后可以玩的方法就很多了,比如让学生创建Link List (以特定顺序连接几个AA)

    然后Link List头尾添加内容,中间添加和删除(蛋白质修饰,头尾添加,头尾以及中间切除AA)

    额外功能读取特定位置数据 (检测特殊位点AA是否正确,比如第7,13,19什么的)

    要想作难一些可以要求学生把带正电和带负电的配对,亲水的放在特定区域疏水的放在特定区域什么的……
    可以给他们提供这张图作参考
    https://en.wikipedia.org/wiki/Amino_acid#/media/File:Amino_Acids.svg

    以上方法当然能改成DNA修饰,不过bio的学生多半会觉得很怪异。如果你没有多少bio major的小兔崽子,那随便乱写就是了……
    20015jjw
        2
    20015jjw  
    OP
       2015-08-03 04:32:48 +08:00
    @baskice 第一个貌似很好玩 求参考资料什么的qwq 生物小白啥都不造根本看不懂qwq 谢谢!
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