可以使用 sort_values 方法来排序，但是需要注意，MultiIndex 的排序方式和单层 index 是不一样的。

下面是一个示例代码：

import pandas as pd
import numpy as np

# 按时间升序排序，然后按值升序排序
df_sorted = df.sort_values(by=['time', 'a'], ascending=[True, True])

其中，by 参数指定了按哪些列排序，ascending 参数指定排序的方式，True 表示升序，False 表示降序。
另外，注意到一点，这个排序是按照时间升序排序的，而不是按照每 5 分钟排序的。如果你需要按照每 5 分钟排序，可以先将时间列转化为字符串，然后取出前缀表示每 5 分钟的时间段，再排序。

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可以试试 dask，话说 54 万行用 apply 不至于这么慢吧